De Waaslandhaven is al sinds 1988 aangeduid als Vogelrichtlijngebied. In het eerste daaropvolgende decennium bleef de toepassing ervan echter achterwege. Bij de verdere uitbouw van de haven gingen belangrijke natuurwaarden verloren, zonder passende beoordeling en opvang van de effecten.
In 1999 werd een strategisch planningsproces opgezet om de toekomstvisie van de haven te bepalen. Hierin ging men er aanvankelijk van uit dat het volledige zeehavengebied, met uitzondering van de buitenste 100 meter van de volumebuffer, als Vogelrichtlijn- en habitatgebied zou worden geschrapt, mits beperkte compensaties, deels buiten de regio.
Dat deze opvatting niet strookte met de geest van de Europese richtlijnen, bleek bij de start van de bouw van Deurganckdok. Het kwam in september 1999 tot een ingebrekestelling door de Europese Commissie. Arresten van de Raad van State brachten bovendien de rechtsgrond voor de stedenbouwkundige vergunningen in het gedrang. De reeds jaren geplande en gedeeltelijk aangevatte werken aan het Deurganckdok dienden stilgelegd te worden.
In een actualisatie van het milieueffectenrapport (MER) voor het Deurganckdok werd een nieuw, passend compensatieplan uitgewerkt, waarin tegelijk een vereffening gebeurde van eerdere, niet gecompenseerde ingrepen in de Vogel- en Habitatrichtlijngebieden op de Linkerscheldeoever.
Om uit de juridische impasse te geraken, keurde het Vlaams Parlement in december 2001 het zogenaamde ‘Nooddecreet’ goed, waardoor de werken konden worden hervat. In de besluitvorming die daarop volgde, werden afspraken gemaakt voor de realisatie van het uit het geactualiseerde MER voortkomende compensatieplan, en werd de Beheercommissie en een monitoringsprogramma opgestart om te waken over de realisatie ervan.
